1930 оны 3 дугаар сарын 9 ны өдөр хуралдсан Монгол улсын Засгийн газрын 11 дүгээр хуралдаанаар санхүү ба орлого, зарлагын явдалд хатуу чанга сахилга бат тогтоох...санхүүгийн сахилга батыг зөрчсөн этгээдийг шүүн таслах газар шилжүүлэх үүрэг бүхий санхүүгийн хяналт, шалгалтын алба байгуулахаар шийдвэрлэсний дагуу Сангийн яамны дэргэд Санхүүгийн хянан байцаах алба 1930 онд байгуулагдан ажиллаж эхэлсэн байна.

1936 оны 10 дугаар сарын 10-нд Сайд нарын зөвлөлийн 44 дүгээр хурлаас Сангийн яамны дүрмийг шинэчлэн 4 үндсэн нэгжтэй, дэргэдэх хэд хэдэн комисстой байхаар баталсны үндсэн нэгжийн 2 дугаарт Улсын санхүүг хянан байцаах газар гэж заажээ.

1978 оны 8 дугаар сарын 31-ны өдрийн Сайд нарын зөвлөлийн 273 дугаар тогтоолоор Сангийн яамны бүтцийг өөрчлөн баталж, 5 газар, 4 хэлтэс, 2 тасагтай байхаар тогтоосоны нэг нь Улсын санхүүгийн хянан байцаах газар байв.

1990 оны 12 дугаар сарын 27-ны өдрийн Сангийн сайдын тушаалаар Сангийн яамны бүтцийг батлахдаа татварын улсын алба байгуулж, санхүүгийн хянан байцаах газрыг татан буулгажээ.

1991 оны 8 дугаар сарын 23-нд Засгийн газрын 248 дугаар тогтоол гарч Сангийн яаманд Санхүүгийн хяналт шалгалтын алба ажиллуулах шийдвэр гарсаны дараа сөн оны 9 дүгээр сараас эхлэн тус алба дахин байгуулагджээ.

1996 оны 8 дугаар сарын 30-ны өдрийн Монгол Улсын Их Хурлын 40 дүгээр тогтоолоор Сангийн сайдын эрхлэх асуудлын хүрээнд Засгийн газрын тохируулагч агентлаг Санхүүгийн улсын хяналт, шалгалтын газрыг бий болгосон байна.

1996 оны 10 дугаар сарын 24-ний өдрийн Засгийн газрын “Аймгийн Засаг даргын Тамгын газрын бүтцийг шинэчлэн тогтоох тухай” 264 дүгээр тогтоолоор аймгийн Засаг даргын эрхлэх асуудлын хүрээнд бодлогыг хэрэгжүүлэх чиг үүрэгтэй хэрэгжүүлэгч агентлаг Санхүүгийн хяналт шалгалтын алба ажиллуулахаар тогтоосон байна. Үүний дагуу Дархан хотод Засаг даргын дэргэдэх Санхүүгийн хяналт шалгалтын алба 1996 онд байгуулагджээ.

2002 оны 07 дугаар сарын 12-ны өдрийн Монгол Улсын Их Хурлын 58 дугаар тогтоол, 2002 оны 8 дугаар сарын 14-ний өдрийн Засгийн газрын 162 тогтоолоор Ерөнхий сайдын эрхлэх асуудлын хүрээн дэх Засгийн газрын тохируулагч агентлаг Улсын Мэргэжлийн Хяналтын Газар байгуулагдсаны дагуу Санхүүгийн хяналт шалгалтын албыг татан буулган Санхүүгийн хяналт шалгалтын албыг татан буулгасан.

2003 оны 01 дүгээр сард Санхүү, хөдөлмөр, нийгмийн хамгааллын хяналтын хэлтэс нэртэйгээр Дархан-Уул аймгийн Мэргэжлийн Хяналтын газартай нэгтгэсэн билээ. Хэлтсийн даргаар Б.Жаргалсайхан /2000.11-2008.09/, Б.Баасанжаргал /2008.09-2014.11/ нар ажилласан.

Монгол Улсын Засгийн Газрын 327 дугаар тогтоолоор  Мэргэжлийн хяналтын ерөнхий газрын санхүүгийн хяналт, шалгалтын чиг үүргийг Сангийн яаманд, аймгийн Мэргэжлийн хяналтын газрын санхүүгийн хяналт, шалгалтын чиг үүргийг хэрэгжүүлдэг санхүүгийн хяналт шалгалтын улсын байцаагчдыг аймгийн Санхүүгийн хяналт, аудитын албанд тус тус шилжүүлэхээр шийдвэрлэсэн.

Монгол Улсын Засгийн газрын 2021 оны 377 дугаар тогтоолоор аймгийн Засаг даргын эрхлэх асуудлын хэрэгжүүлэгч агентлаг Санхүүгийн хяналт, дотоод аудитын алба болгон өөрчилсөн.

Монгол Улсын Засгийн газрын 2025 оны 37 дугаар тогтоолоор аймгийн эрхлэх асуудлын хэрэгжүүлэгч агентлаг Санхүүгийн хяналт, дотоод аудитын газар болгон өөрчилсөн